階段七老師示範腳本：Antigravity＋Remote-SSH＋Nano4 FreeSurfer 管線
示範使用的專案是 freesurfer-nano4-pipeline（私人 repo，只有擁有者與 collaborator 能存取）。專案本身的完整說明見其 README.md 與 QUICKSTART.md；本文件只整理課堂示範需要的部分。
本文件不含任何帳號、密碼或 OTP。以下
<你的帳號>請自行替換。
一、課前準備（至少前一天完成）
| 項目 | 怎麼確認 |
|---|---|
| Nano4 帳號與 OTP | 能用密碼＋OTP（雙重驗證）登入；生醫 GP1 計畫還有 SU 額度 |
| 教室網路能連 Nano4 | 在教室的電腦執行 Test-NetConnection nano4.nchc.org.tw -Port 2222，TcpTestSucceeded 為 True（macOS：nc -vz nano4.nchc.org.tw 2222，顯示 succeeded 即可）。學校網路可能擋 2222 埠，一定要在教室實測 |
| Antigravity 已安裝 | 能開啟，並能使用 Remote-SSH 連線（見下方第二節） |
| 遠端專案已安裝 | 在 Nano4 上已 clone、執行過 scripts/setup_software.sh（約 6 分鐘），且 scripts/selftest.sh 顯示 SELFTEST PASS |
| 事先跑好一個示範批次 | recon-all 每例需要數小時（約 3 SU），上課時不可能現場跑完。前一天先送出 1 例的示範批次，上課時展示進度與結果 |
| 示範資料可以公開 | 使用已去識別化、IRB 允許用於教學的影像；不要使用真實研究批次 |
| 備案 | 網路或 OTP 出問題時，改播示範影片 AI4Science｜AI Agent × 國網 HPC 科研運算 (v1.0)（課前確認教室能播放 YouTube；保險起見可另存一份離線檔） |
遠端專案首次安裝（只需做一次）
在 Nano4 的終端機執行（私人 repo 需要先授權）：
bash
gh auth login # 瀏覽器登入，到 github.com/login/device 輸入代碼
gh auth setup-git
git clone https://github.com/gemini960114/freesurfer-nano4-pipeline.git /work/<你的帳號>/FreeSurfer
cd /work/<你的帳號>/FreeSurfer
scripts/setup_software.sh --check # 唯讀檢查
scripts/setup_software.sh # 安裝容器與 MATLAB Runtime（約 6 分鐘）
scripts/selftest.sh # 端對端自我測試（約 1～2 分鐘）也可以在 Antigravity 連線後，直接對 AI 說「幫我安裝環境」，它會先唯讀檢查、提案，等你同意才安裝。
二、Antigravity 的 Remote-SSH 連線設定
1. SSH 設定檔
在筆電的 ~/.ssh/config（Windows：%USERPROFILE%\.ssh\config）加入：
text
Host nano4
HostName nano4.nchc.org.tw
Port 2222
User <你的帳號>2. 連線
- 開啟 Antigravity，開啟命令面板（
Ctrl+Shift+P／macOSCmd+Shift+P），搜尋 Remote-SSH 的連線指令，選擇主機nano4。（指令名稱可能依版本略有不同。） - 依提示輸入密碼與 OTP。若沒有出現輸入框，到設定中開啟「在終端機顯示 Remote-SSH 登入過程」（
remote.SSH.showLoginTerminal），在終端機中輸入。 - 連線後選「開啟資料夾」，開啟
/work/<你的帳號>/FreeSurfer。 - 開啟 Antigravity 的 AI 面板，一定要在專案資料夾裡開啟，AI 才會讀到專案的 AGENTS.md 與 skills。
投影時注意：輸入 OTP 時先切換畫面，不要讓學生看到。
三、示範腳本（約 25 分鐘）
示範目標（學生頁開頭的三件事）：① 研究者用自然語言指揮 AI 操作超級電腦；② 規模變大、錯誤代價變大，所以 AI 先提案、人同意才執行；③ 只靠 AI 自律不夠，關鍵檢查要交給程式（偽完成、AI 跳過確認）。
原則：課堂上不送出正式批次。 只示範「分析＋提案」，在 AI 要求同意時回答「先不要執行」；結果用事先跑好的批次展示。
| 時間 | 老師對 AI 說 | 預期反應 | 講解重點 |
|---|---|---|---|
| 3 分 | 「你目前要遵守哪些規則？」 | 提到：不能在登入節點計算、送出作業前要先提案並取得同意、用 uv 管理環境 | AGENTS.md 和 skills 在遠端專案一樣有效 |
| 4 分 | 「幫我檢查環境」 | 執行 setup_software.sh --check（唯讀），回報各元件都已安裝 | AI 先檢查，不會自己動手安裝 |
| 3 分（選做） | 「跑一次自我測試」 | selftest.sh 約 1～2 分鐘，SELFTEST PASS | 改過程式一定要先通過自我測試；會用到少量 SU |
| 5 分 | 「我有一批新的資料，放在 downloads/<示範資料夾>，幫我跑 FreeSurfer」 | 唯讀掃描 → 回報可分析的例數 → 提出計畫（佇列規格、成本、輸出位置、並行數）→ 問「確認執行嗎？」 | 回答「先不要執行」。重點是 AI 停下來等人同意 |
| 4 分 | 「<事先跑好的批次> 跑到哪了？有沒有失敗的 case？」 | 執行 status.sh，顯示 ✅（每例 8/8 個 NIfTI 輸出）等狀態 | 「完成」有嚴格定義，不是 AI 說了算 |
| 6 分 | 打開專案的 papers/agent-guarded-hpc-pipeline/incidents/README.md | — | 帶學生看 20 個事件，討論偽完成（INC-11）、AI 自行 commit（INC-12）、結果無法重現（INC-20） |
若時間充裕
- 「我要下載結果」：AI 產生
SHA256SUMS.txt，說明用 FileZilla 下載哪些檔案、怎麼驗證檢查碼。可以呼應「每個數字都要查得到來源」。
四、安全與注意事項
| 事項 | 做法 |
|---|---|
| 醫療資料 | 不投影原始 MRI 影像與 case 編號；只展示狀態表與事件目錄（已去識別化） |
| OTP 與帳號 | 輸入時切換畫面；示範結束後中斷 Remote-SSH 連線 |
| 運算費用 | 課堂上不送出正式批次；selftest 會用到少量 SU |
| 登入節點 | 不要示範在登入節點直接執行 run_case.sh 或 recon-all（違反叢集規範，專案也會拒絕） |
| 私人 repo | 學生頁面（07-hpc-demo/README.md）只放觀察重點與事件摘要。學生申請存取時，在 repo 的 Settings → Collaborators 邀請對方的 GitHub 帳號（或執行 gh api -X PUT repos/gemini960114/freesurfer-nano4-pipeline/collaborators/<學生帳號> -f permission=pull，只給讀取權限） |
五、備案：Antigravity CLI（agy）的瀏覽器主控台
若筆電無法使用 Remote-SSH，專案 README 另有做法：在 Nano4 上安裝 agy CLI，用 scripts/agy.slurm 把它派送到長時監看佇列（ngsconsole），再從瀏覽器開啟 Antigravity 網頁接管。詳細步驟見專案 README 的「Antigravity（agy CLI）安裝與 Slurm 遠端主控台」。
這套 Remote-SSH 與 agy 流程尚未在教室環境實測，請在課前依第一節的清單完整跑一次。